Deutschland wurde 2008 als tollwutfrei erklärt. Durch Aufklärung der Bevölkerung und regelmäßige Impfungen bei Haussäugetieren und Füchsen, konnte die Krankheit eingedämmt werden, nachdem in den 80er Jahren noch mehrere Tausend Füchse davon befallen waren. Tollwut ist eine ansteckende Viruskrankheit, die alle Säugetiere, und damit auch den Menschen befallen. Die Krankheit führt stets zum Tod.

In Europa wurde die Tollwut größtenteils durch den Fuchs übertragen, daher wird sie auch silvatische oder Fuchstollwut genannt. In den 80er Jahren wurde in Deutschland begonnen, Füchse durch Auslegung von Impfködern gegen Tollwut zu impfen, bis die Tollwutfreiheit erreicht wurde.

Die Befallsrate der Fuchspopulation mit dem Kleinen Fuchsbandwurm in Baden- Württemberg ist regional sehr unterschiedlich. Eine Ausbreitung in bisher freie Gebiete Norddeutschlands wird beobachtet. Der Kleine Fuchsbandwurm (Echinococcus multilocularis) ist ein Parasit, der in einem Zyklus zwischen Nagetieren (Zwischenwirt) und Räubern wie Fuchs, Hund oder in seltenen Fällen Katze besteht. Der Mensch kann sich als "falscher" Zwischenwirt mit dem Fuchsbandwurm infizieren, wenn er die Eier, die vom Fuchs ausgeschieden werden, über seinen Mund aufnimmt. Hier verursacht der Fuchsbandwurm oft erst nach mehreren Jahren durch sein tumorartiges Wachstum schwere Lebererkrankungen (Alveoläre Echinokokkose), die ohne Behandlung zum Tod führen, während der Befall von Füchsen oder Hunden, bei denen sich der Wurm im Darm aufhält (Endwirt), meist ohne Symptome vonstattengeht und deshalb nicht bemerkt wird.

Interessanterweise ist nach einer Studie von Füchsen im Stuttgarter Stadtgebiet die Infektionsrate der Stadtfüchse wesentlich geringer (20%) als die der Landfüchse (44-62%). Das liegt daran, dass sich hier die Füchse weniger von Mäusen als von den menschlichen Abfällen ernähren.

Jährlich werden in Deutschland ca. 50 Neuerkrankungen der Alveoläre Echinokokkose gemeldet, die mehrheitlich aus dem Allgäu, Oberschwaben und der Schwäbischen Alb stammen. Eine Ansteckung über kontaminiertes Obst ist möglich. Hygienemaßnahmen sind sinnvoll, um dieser Erkrankung vorzubeugen. 

Die Räude ist eine durch Grabmilben (Sarcoptes scabiei) hervorgerufene Hauterkrankung bei Tieren. Die Milben dringen in die Haut des Wirtes ein und leben und vermehren sich dort. An den von den Milben befallenen Hautpartien fallen nach einiger Zeit die Haare aus und die Haut bekommt ein borkiges, gräuliches Aussehen. Häufig finden sich die ersten sichtbaren Veränderungen an Ohr- und Augenrändern und am Nasenrücken. Im Verlauf der Krankheit kommt es zu einer Ausbreitung auf andere Areale des Körpers, wo es zum Ausfall der Haare und einer deutlich sichtbaren Veränderung der Haut kommt. Die Milben werden meist durch direkten Kontakt von Tier zu Tier übertragen. Die Räude kann zum Tod führen. Die Räudemilbe ist überwiegend wirtsspezifisch. Auch Hunde können an Räude erkranken, dies ist jedoch durch den Tierarzt behandelbar. 

Menschen können sowohl von den Milben des Hundes als auch von den Milben des Fuchses befallen werden. Allerdings vermehrt sich die Milbe beim Menschen nicht und es werden auch keine Gänge in der Haut angelegt. Der Befall mit der Milbe äußert sich durch Juckreiz oder durch juckende Hautveränderungen. Meist wird der Befall durch die Milben allerdings nicht bemerkt und ist zeitlich begrenzt. 

In den letzten Jahren ist in Baden- Württemberg ein zunehmender Anstieg von Staupeerkrankungen bei Füchsen festgestellt worden. Besonders viele Erkrankungsfälle traten zuerst oberhalb des Bodensees auf, von wo aus eine Ausbreitung gen Norden und Westen verzeichnet wurde. Im November 2013 war in den Medien gar von einer "Staupe- Epidemie" im Kreis Esslingen die Rede.

Die durch das Canine Distemper Virus (CDV) verursachte Staupe ist eine weltweit auftretende Viruserkrankung und befällt neben Hundeartigen unter anderem auch Waschbären und Marderartige. Die Ansteckung erfolgt vermutlich über das Einatmen von in der Luft zirkulierenden Aerosolen von Körperausscheidungen und diversen Sekreten. Außerdem ist eine Übertragung durch direkten Kontakt wahrscheinlich. Zu den Symptomen zählen Fieberschübe, Appetitlosigkeit, z.T. blutiger Durchfall, Husten, Nasenausfluss, Bindehautentzündungen und Entzündungen der Atemwege. Es kann zudem zu Störungen des Nervensystems kommen, sodass bei erkrankten Tieren Lähmungen, epileptische Anfälle, Zittern und Schräglagen des Kopfes beobachtet werden können. Bleibt die Krankheit unbehandelt, führt sie in den meisten Fällen zum Tod. 

Eine Infizierung des Menschen mit CDV ist nicht bekannt. Allerdings können sich Haushunde infizierten, eine regelmäßige Impfung gegen Staupe ist daher zu empfehlen.