Die bundesweit vom Dachverband Deutscher Avifaunisten (DDA) koordinierte Wasservogelzählung gehört zu den ältesten systematischen ornithologischen Erfassungsprogrammen. Sie wird in Baden-Württemberg bislang nicht von zentraler Stelle betreut, sondern von den regionalen ornithologischen Arbeitsgemeinschaften (Ornithologische Gesellschaft Baden-Württemberg e.V. (OGBW) ) ehrenamtlich durchgeführt. An Zählterminen Mitte Januar werden seit den 1960er-Jahren an Flüssen und stehenden Gewässern die Bestände rastender Wasservögel erfasst. Internationale Standards wie der abgestimmte Termin der Mittwinterzählung haben international einheitliche Datenreihen geschaffen, die bis zu 50 Jahre in die Vergangenheit reichen. Mittlerweile beteiligen sich über 100 Länder an dem von Wetlands International initiierten International Waterbird Census.
Häufige Brutvogelarten werden in Baden-Württemberg seit 1992 mit standardisierten Methoden erfasst. 2004 hat der Dachverband Deutscher Avifaunisten (DDA) das Monitoring deutschlandweit vereinheitlicht. Seitdem erfolgt die Kartierung häufiger Brutvögel in ganz Deutschland auf 2.637 repräsentativen Probenflächen.
Auf das Land Baden-Württemberg entfallen 405 dieser 1 km² großen Flächen, von denen derzeit rund 130 (Stand 2017) jährlich von Ehrenamtlichen kartiert werden. Das NABU-Vogelschutzzentrum Mössingen betreut die Ehrenamtlichen im Auftrag der Staatlichen Vogelschutzwarte der LUBW. Die baden-württembergischen Daten des Monitorings fließen dank der bundesweit einheitlichen Methodik der Linienkartierung in nationale und europäische Projekte ein und sind dadurch wichtige Grundlage für großräumige Trendberechnungen.
Ein bundesweites ornithologisches Monitoringtool ist das vom Dachverband Deutscher Avifaunisten (DDA) getragene Internetportal Ornitho.de. Seit dem Start im Herbst 2011 wurden auf dem Portal mehr als 50 Millionen Vogelbeobachtungen gemeldet.
Die Landesanstalt fur Umwelt (LUBW) ermittelt gemäß der Kormoranverordnung im zweijährigen Rhythmus den Brutbestand des Kormorans im Land sowie in den angrenzenden Gebieten. Die Ornithologische Gesellschaft Baden-Württemberg e.V. (OGBW) erhebt den Bestand im Auftrag der LUBW. Ornithologen und Vogelschützer übernehmen die Zählungen in der Regel gemeinsam mit Mitgliedern des Landesfischereiverbands Baden-Württemberg e.V. und der Freizeitfischerei. Anfang April und Ende April/Anfang Mai werden besetzte Nester nach standardisierter Methodik gezählt.
Die Fischereiforschungsstelle (FFS) des Landes Baden-Württemberg sammelt die Daten zur landesweiten Kormoranvergrämung (Abschüsse), wertet diese aus und erstellt dazu den jährlichen Bericht. An ausgewählten Fließgewässern wird untersucht, wie sich Prädation durch Kormorane auf die Fischbestände auswirkt.
Das Brutgeschehen der Felsenbrüter Wanderfalke, Uhu (Bubo bubo) und Kolkrabe (Corvus corax) wird von der Arbeitsgemeinschaft Wanderfalkenschutz Baden-Württemberg (AGW) im Naturschutzbund Deutschland (NABU) erfasst. Die Brutverbreitung sowie die Dichten der Brutpaare und der flüggen Jungvögel werden jährlich in den Jahresberichten der AGW publiziert und darüber hinaus in Karten gemeinsam mit der LUBW veröffentlicht. Die AGW tritt für die gesamten Pflanzen- und Tierarten der Felslebensräume ein. Neben Artenschutzmaßnahmen und dem Monitoring der Felsenbrüter, ist der Schutz der Felsbiotope Fokus der Aktivitäten.
