Der Baummarder ist überwiegend an den Wald gebunden, wird aber zunehmend in suboptimalen Lebensräumen wie stark isolierten Waldgebieten oder in Siedlungsnähe nachgewiesen. Hohlbäume sind essenzielle Requisiten für eine erfolgreiche Bestandsentwicklung, da Baummarderfähen vorwiegend große Baumhöhlen als Wurfplätze nutzen. Die naturnahe Waldwirtschaft, die Umsetzung des Alt- und Totholzkonzepts sowie der zunehmende Waldanteil sollten positive Effekte für den Baummarder haben. Allerdings wurde seine tatsächliche Lebensraumnutzung innerhalb Baden-Württembergs bislang nicht näher untersucht. Baummarder bevorzugen deckungsreiche Strukturen als Vernetzungselemente zwischen den Flächen. Die zunehmende Fragmentierung von Waldflächen durch anthropogene Infrastrukturen ist für den Baummarder problematisch, da der Verkehrstod seine häufigste Mortalitätsursache ist.

Die Entwicklung der Jagdstrecken in Baden-Württemberg zeigt, dass die Bejagung des Baummarders seit Jahren rückläufig ist und dass nur noch wenige Individuen erlegt werden. Für das Jagdjahr 2022/23 ergab die Strecke insgesamt 395 Stück, die kontinuierliche Abnahme der Abschüsse geht vor allem auf die abnehmende Intensität der Bejagung zurück, sie korrespondiert nicht mit der tatsächlichen Entwicklung der Baummarderbestände. Demgegenüber ist eine stetige Zunahme an Fallwild zu beobachten, siehe Abbildung aus dem Wildtierbericht 2024. Das Fallwild macht mittlerweile ein Drittel der gesamten Jagdstrecke des Baummarders aus und wird vor allem durch Verkehrsverluste verursacht.